Tujuan Program Studi S-2 Pendidikan Biologi adalah sebagai berikut.

1.         Menghasilkan lulusan Pendidikan Biologi jenjang Magister yang :

o     Bertanggungjawab dan menerapkan etika akademik di dalam pelaksanaan tugas serta memiliki jiwa dan semangat bioecopreneurship (Sikap)

o     Selalu berusaha mengembangkan diri secara berkelanjutan sehingga menjadi rujukan dalam bidang Pendidikan Biologi berbasis kearifan lokal dan bioecopreneurship (Akademik)

o     Menguasai pengetahuan dan aplikasinya serta metodologi penyelesaian masalah dalam bidang Pendidikan biologI berbasis kearifan lokal dan bioedupreneurship untuk mendukung pengembangan karier (Profesional)

o     Mampu berkomunikasi dalam aktivitas profesional di tingkat nasional maupun internasional (Sosial)

2.         Menghasilkan produk penelitian berupa karya ilmiah dan karya kreatif di bidang Pendidikan biologi.

3.         Terselenggaranya program pemberdayaan masyarakat melalui penerapan hasil penelitian Pendidikan Biologi.

4.         Terwujudnya kerjasama kemitraan dalam tridharma PT dengan stakeholder dalam dan luar negeri  untuk menjamin keberlangsungan penyelenggaraan Prodi.

5.         Terwujudnya Prodi Magister Pendidikan Biologi sebagai pusat pembelajaran dan asesmen inovatif berbasis kearifan lokal dan bioedupreneurship.

6.         Menghasilkan kinerja Prodi Magister Pendidikan Biologi yang efektif, efisien, transparan, akuntabel, responsif, berkeadilan, dengan mewujudkan iklim akademik yang humanis, untuk menjamin kualitas pelaksanaan tridarma perguruan tinggi secara berkelanjutan.